Van müzesinin ilk temelini, 1932 yılında yapılan bir depo binası oluşturmuştur.
Bölgede çok sayıda bulunan Urartu çivi yazılı zafer stelleri ile Akkoyunlu ve Karakoyunlulara ait koç ve koyun şeklindeki mezar taşları, bulundukları yerlerden toplanarak söz konusu depo binasına nakledilmiştir.
Depodaki kültür varlıklarının sayısı çoğalınca bu kez 1945 yılında Van Müze Memurluğu oluşturulmuştur. Satın alma ya da arkeolojik kazılar sonucunda ortaya çıkarılan eserlerin daha iyi korunup teşhir edilmesi içinse 1972 yılında Van Müze Müdürlüğü kurulmuştur.
Binanın yetersiz olması üzerine modern müzecilik anlayışı ile 13 bin metrekarelik bir alana yeni bir müze binası inşa edilmiştir. Yeni müze binasında 23 sergi holü bulunmaktadır.
Müzede; Urartular, Roma, Bizans, Selçuklu, Akkoyunlu ve Karakoyunlu ile Osmanlı dönemlerine ait eserler, sikkeler ve Van halk kültürüne ışık tutan etnografik eserler ziyaretçilerini beklemektedir.